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日本藥典主要分為兩部分：第一部分包括通則、制劑總則、一般試驗法及781種藥品條目，主要收載原料藥及其制劑;第二部分包括生藥總則以及469種藥品條目，收載生藥、家庭用藥制劑和制劑原料。藥典正文部分按字體順排列，冠有流水號和詳細的國際命名法、分子式、性質、用途、物理數據及參考文獻等，而書后更是附有大量資料、數據表解和索引。值得說明的是，為了方便查找藥品和制劑，該藥典提供了日文、拉丁文和英文共三種語言索引。 日本藥典的作用：1、用于藥物管理--新實體批復質量評價和藥物警戒質量保證的標準；2、用于制藥工業--在藥物開發中應參考的科學技術標準；3、用于藥物教育--藥物科學中質量教科書；4、用于國際協調--在藥物質量的國際協調中發揮著積極作用。